Ο Όσιος Νείλος καταγόταν από τα Κοτύωρα του Πόντου, γεννήθηκε στην Κωνσταντινούπολη και ήταν άνθρωπος με μόρφωση και σημαντική θέση στην κοινωνία της εποχής του. Σύμφωνα με τις πηγές, είχε διατελέσει έπαρχος της Κωνσταντινούπολης και ήταν παντρεμένος, με δύο παιδιά.
Παρά τη ζωή και τα αξιώματα που είχε αποκτήσει, μέσα του υπήρχε έντονη η επιθυμία να ακολουθήσει τον μοναχικό βίο. Έπεισε τη σύζυγό του να εγκαταλείψουν την Κωνσταντινούπολη και να ταξιδέψουν στην Αλεξάνδρεια.
Εκεί οι δρόμοι τους χωρίστηκαν. Η σύζυγός του πήρε μαζί της την κόρη τους, ενώ ο Νείλος κράτησε τον γιο του, Θεόδουλο, και μαζί αναχώρησαν για το όρος Σινά.
Στο Σινά αφιερώθηκε στην άσκηση, τη νηστεία και την προσευχή, ενώ παράλληλα ασχολήθηκε με τη συγγραφή ασκητικών έργων. Γι’ αυτό και έκτοτε τον ονομάζουν ως «Σιναΐτη».
Η ζωή του όμως σημαδεύτηκε και από μια μεγάλη δοκιμασία. Βάρβαροι επιτέθηκαν στην περιοχή και, ανάμεσα στους αιχμαλώτους, πήραν και τον γιο του.
Ο Όσιος Νείλος έζησε τα υπόλοιπα χρόνια της ζωής του αφιερωμένος στην προσευχή και την άσκηση. Άφησε πίσω του σημαντικό συγγραφικό έργο και εκοιμήθη ειρηνικά.